廈門大學附屬廈門眼科中心是集醫療、教學、科研、防盲為一體的國家三級甲等眼科醫院，國內眼科疑難病例診治中心之一。獲得了衛生部國家臨床重點、國家藥物臨床試驗機構、福建省眼科與視覺科學重點實驗室、福建省臨床重點專科、廈門市領先學科，是新加坡全國眼科中心的姐妹中心，并設有國家博士后科研工作站、院士專家工作站等，擁有“全國眼底COE示范中心”、 “全國白內障手術培訓基地”、全國住院醫師規培基地、全國 “D2D疑難眼病名醫會診平臺”以及醫聯體“遠程會診中心”等重要臨床培訓研究平臺。

廈門大學附屬廈門眼科中心年門急診量42萬人次，手術量 5 萬余例，住院患者73%來自廈門以外地區，2013年，在國家衛計委發布全國醫療機構白內障復明手術例數排名中，手術例數位于全國前三，并獲得中華醫學會2013年消除白內障突出貢獻獎。2011年獲得衛生部醫管司“改革創新獎”。經過多年的努力，廈門大學廈門眼科中心已經建立了完備的眼科各亞專科體系，其中眼表與角膜病專科的病人量與手術量位于全國前列，視網膜、白內障、屈光專科的手術量位于全國的前列。

已完成973、863、國家重大研究計劃、國家自然科學基金42項，省市級課題40余項，獲得三項省部級科技進步一等獎。2014年度中國醫院科技影響力排行榜-眼科學排行進入前十。中心具有多名具有國際影響力的專家，包括黎曉新（中華眼科學會榮譽主委、亞太視網膜學會前任主席）、趙堪興（中華眼科學會榮譽主委、亞太斜弱視與兒童眼病學會前任主席、葛堅、劉祖國（亞洲干眼學會候任主席），龐繼景（國際著名的眼科轉基因治療專家）。承擔著國家、省、市專業人才培訓、臨床試驗及國際及醫聯體多層級人才培訓、信息交流共享等任務。廈門大學附屬廈門眼科中心平均每年承辦國家級會議培訓6次，培訓全國骨干約1000人次/年。主辦及主導了“2017中國眼底病論壇暨國際視網膜研討會”、“第三屆華廈眼科國際論壇暨第六屆國際葡萄膜炎學術研討會”、“第11屆亞太玻璃體視網膜學會大會”等多項國際及國內會議，2019年承辦全國斜弱視及兒童眼病會議。通過多種臨床研究協作網絡平臺，開展“嚴重糖尿病性視網膜病變的治療”、 “角結膜疾病的基礎研究及臨床應用”、 “眼組織庫的基礎研究及臨床應用”等研究，并“淺析大陸醫保改革及其與臺灣病區醫保之比較”，提出“我國循證眼科學研究的現狀、問題與對策”。為我國進一步優化醫療資源配置、提高醫療資源的合理高效使用提出了科學化的建議。

自建院以來，以廈門大學附屬廈門眼科中心為中心，聯合全國50余家醫院，依托醫聯體為平臺，逐步在全國開展了眼科疾病的社區篩查、治療、社區管理康復、培訓等相關工作。2011年開始，廈門大學附屬廈門眼科中心承擔了醫聯體全國信息網絡平臺的建設工作，該系統登記錄入全國眼部相關疾病患者的人口學信息和診斷、治療、康復等隨訪信息。