圓錐角膜的主要臨床特點即角膜中央或周邊不規則的變薄。眼部癥狀和角膜的變化跡象取決于疾病的嚴重程度：
 

1.潛伏期（臨床前期）患者與一般近視散光患者沒有差異，地形圖可無異常或疑似圓錐，多因為對側眼為確診的圓錐角膜而發現；
 

2.初期患者與一般近視散光患者沒有差異，僅能靠角膜地形圖識別發現，所以極容易誤診和漏診。
 

3.進展期（此期為重要，直接影響治療方案的制定和疾病結果，近年來的診斷和治療技術的進步都集中在此期，但此期在一般書籍的分期中沒有述及，原因是傳統分期尚沒有跟上技術的不斷發展）患者不規則散光明顯，角膜前凸，視力逐漸下降，且戴鏡矯正效果不佳；
 

4.終末期，患者角膜前彈力層破壞，漸層基質瘢痕形成，視力差，戴鏡無法矯正，病變局部角膜后彈力層破裂可角膜水腫和進一步前凸，并有角膜破裂風險，如無破裂水腫逐漸消退形成瘢痕。圓錐角膜四個體征，即Munson征、Fleischer環、Vogt線、急性水腫，曾是以往診斷該病的重要依據，如今角膜地形圖可在早期明確診斷，所以該四個體征對早期診斷和早期治療并無意義。